Funkcjonalność BPS eKsięgowość nie obejmuje wystawiania poniższych faktur:
- korygujących do faktur VAT marża;
- VAT-RR.
Serwis nie zapewnia również:
- możliwości rozliczania podatku dochodowego wspólników z uwzględnieniem dokonanej zmiany udziałów w zysku poszczególnych wspólników w trakcie roku podatkowego,
- wyliczenia zaliczki na podatek dochodowy dla wielu źródeł przychodów,
- możliwości samodzielnego naliczania płac,
- rozliczania Użytkowników będących rolnikami ryczałtowymi,
- automatycznego naliczania innych składek niż wymienionych w artykule Automatyczne wyliczanie składek ZUS.